1. 進口PCR儀cDNA產量的很低
可能的原因：
*RNA模板質量低
*對mRNA濃度估計過高
*反應體系中存在反轉錄酶抑制劑或反轉錄酶量不足
*同位素磷32過期
*反應體積過大，不應超過50μl
2. 進口PCR儀擴增產物在電泳分析時沒有條帶或條帶很淺
*zui常見的原因在于您的反應體系是進口PCR儀的反應體系而不是RT-進口PCR儀的反應體系
*與反應起始時RNA的總量及純度有關
*建議在試驗中加入對照RNA
**鏈的反應產物在進行進口PCR儀擴增時，在總的反應體系中的含量不要超過1/10
*建議用Oligo(dT)或隨機引物代替基因特異性引物（GSP）用于*鏈合成。由于RNA模板存在二級結構，如環(huán)狀結果，有可能導致GSP無法與模板退火；或SSⅡ反轉錄酶無法從此引物進行有效延伸。
*目的mRNA中含有強的轉錄中止位點，可以試用以下方法解決：
a. 將*鏈的反應溫度提高至50℃。
b. 使用隨機六聚體代替Oligo(dT)進行*鏈反應。
3. 產生非特異性條帶
*用RT陰性對照檢測是否被基因組DNA污染。如果RT陰性對照的進口PCR儀結果也顯示同樣條帶，則需要用DNase I重新處理樣品。
*在進口PCR儀反應中，非特異的起始擴增將導致產生非特異性結果。在低于引物Tm 2至5℃的溫度下進行退火，降低鎂離子或是目的DNA的量將減少非特異性結果的產生。
*由于mRNA剪切方式的不同，根據(jù)選擇引物的不同將導致產生不同的RT-進口PCR儀結果。
4. 產生彌散（smear）條帶
*在進口PCR儀反應體系中*鏈產物的含量過高
*減少引物的用量
*優(yōu)化進口PCR儀反應條件/減少進口PCR儀的循環(huán)次數(shù)
*在用DNase處理被DNA污染的RNA樣品時，其產生的寡核苷酸片段會產生非特異性擴增，一般會顯示為彌散背景。
5. 進口PCR儀產生大分子量的彌散條帶
*大多數(shù)情況下是由于退火溫度過低而導致的非特異性的起始及延伸產生的
*對于長片段的進口PCR儀，建議將反應體系中cDNA的濃度稀釋至1:10（或1:100-1:200）
6. 在無反轉錄酶的情況下，對照RNA獲得擴增結果
*通常是由于對照RNA中含有痕量DNA而導致的。由于進行體外轉錄時不可能將所有的DNA模板消除。建議可將*鏈cDNA稀釋1:10、1:100、1:1000倍以消除DNA污染所造成的影響。
*有可能是引物二聚體的條帶
7. 進口PCR儀擴增產物滯留在加樣孔中
*有可能是由于模板量過高而導致進口PCR儀結果產生了高分子量的DNA膠狀物。建議將*鏈結果至少稀釋100倍再進行二次擴增。
*另外，在二次進口PCR儀時使用的退火溫度如果比引物的Tm值低5℃，可以將退火溫度適當增高或進行熱啟動以提高特異性。
8. SSⅢ與SSⅡ有何不同？
*具有更高的熱穩(wěn)定性（達50℃）
*具有更長的半衰期（達220分鐘）
*對進口PCR儀無抑制
*干冰運輸
*Tdt活性更低
9. 為什么有人更喜歡用SSⅢ而不是ThermoScript？
ThermoScript如果保存不當會引起活性很快降低，SSⅢ則更穩(wěn)定。
10. 為什么使用基因特異性引物（GSP）？
GSP在擴增低豐度的轉錄本時是的。OligodT引物建議用于高質量RNA及全長轉錄本的逆轉錄；隨機引物用于mRNA片段的逆轉錄。
11. 進口PCR儀什么情況下需要使用RNase H？
在*輪進口PCR儀中RNA/DNA雜合體不能正常變性時
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